این اولین بار بود که شیعیان سازمان و تشکیلاتی پیدا می کردند. تشکیلاتی که برای ایرانیان هم جالب بود. چون یک روحانی آن را راه انداخته بود. مردی که از قضا ایرانی هم بود؛ سید موسی صدر.
اول خرداد ۱۳۴۸ شمسی مجلس اعلای اسلامی شیعیان لبنان آغاز بکار کرد. مجلسی که طرح تشکیل آن سال ۱۳۴۶ در مجلس تصویب شد و رئیس جمهور لبنان آن را امضا کرد.
این اولین بار بود که شیعیان سازمان و تشکیلاتی پیدا می‌کردند. تشکیلاتی که برای ایرانیان هم جالب بود. چون یک روحانی آن را راه انداخته بود. مردی که از قضا ایرانی هم بود؛ سید موسی صدر، هشت سال بعد از هجرت به لبنان، آنقدر کار کرده بود و برای شیعیان آبرو و اعتبار ساخته بود، که شهروندان درجه دو دیروز، به حقی رسیدند که همه طایفه‌های لبنان از آن برخوردار بودند و هر طایفه مجلسی برای خود داشت.
از روزی که امام موسی صدر در اردیبهشت ۱۳۴۵ طرح تاسیس مجلسی برای شیعیان را ارائه کرد، سه سالی طول کشید تا به سرانجام برسد. از آن سال امام صدر وجود یک مرکز مستقل را برای سازماندهی، اداره و احقاق حقوق شیعیان لازم می‌دانست. این حرف، آن هم از زبان یک روحانی آنقدر برای عده‌ای از هم لباسان و بعضی مقامات لبنانی و غیر لبنانی سنگین بود که مخالفت‌ها از هر سو شروع شد. هم لباسان امام صدر می‌گفتند این کار جلوی وحدت شیعه و سنی را می‌گیرد.
عده‌ای دیگر از اساس با دخالت یک روحانی در امور اجتماعی و سیاسی مخالف بودند. فئودال‌های شیعه هم نگران به خطر افتادن موقعیت و نفوذ خود بودند. حق هم داشتند؛ در همان سال‌های حضور امام در لبنان فعالیت‌ها و حرف‌های او آنقدر در دل مردم جا باز کرده بود که سفیر آمریکا در لبنان در آبان ۴۵ به روسای خود از شخصیت جذاب، زیرک و محبوبی گفت که رهبر یکه تاز شیعیان شده و در نفوذ و محبوبیت رقیب جمال عبدالناصر است.
برای اینکه امام صدر را از طرح تاسیس مجلس منصرف کنند کارهای زیادی کردند: از پیشنهاد دادن پست نیابت مجلس اسلامی شرعی اعلی به امام- که مجلس اهل سنت بود-، به اضافه نصف کرسی‌های آن تا زدن انواع تهمت‌ها به او از طرف کامل اسعد _ رییس مجلس وقت لبنان و از فئودال‌های سر‌شناس شیعه – و افرادش. حتی امام موسی را جاسوس اسرائیل و عامل شاه ایران معرفی کردند و به صراحت نوشتند: ایرانیانی که جاسوس شاه در منطقه هستند، دیروز آمدند و امروز می‌خواهند سرنوشت ملت لبنان را به دست بگیرند. جواب سید موسی صدر در مقابل همه این تهمت‌ها و فشار‌ها تنها سکوت و تنها سکوت و صبر بود و ادامه دادن به راهی که به آن ایمان داشت. برای راه انداختن مجلس شیعیان امام موسی صدر خودش با همه مقامات لبنان تماس گرفت و برای تک تکشان لزوم این کار را گفت و اطمینان داد، امنیت و تمامیت ارضی لبنان تهدید نمی‌شود. مصاحبه مطبوعاتی گذاشت و براساس آمار و اطلاعات دقیقی که خودش در سال اول اقامت در لبنان با سفر به سراسر لبنان جمع کرده بود، ضرورت این کار را اثبات کرد.
در نهایت طرح تاسیس مجلس اعلای شیعیان لبنان تصویب شد و در چنین روزهایی بطور رسمی شروع به فعالیت کرد. یک هیئت شرعی ۹ نفره و یک هیئت اجرایی ۱۲ نفره برای آن انتخاب شد. این افراد همان روز، امام موسی صدر را به ریاست مجلس انتخاب کردند. شارل حلو، رئیس جمهور وقت لبنان برای تبریک گفتن به امام به ساختمان موقت مجلس آمد.
امام صدر بعد از این انتخاب بیانیه‌ای خطاب به مردم لبنان صادر کرد و همه را به وحدت و همکاری برای نجات جنوب لبنان از بحران و درگیری فراخواند. بخشی از بیانیه این است: «مجلس اعلاى شیعیان، که جدیداً تأسیس شده است و امروزه نقش سازندهاى در مسائل داخلى دارد، براى این به وجود نیامده که در قالب فرقهاى جدید باعث دردسر بیشتر شود و از نو تفرقهاى در میان ملت اندازد. این مجلس براى این به وجود نیامده که جایگزینى براى مسئولین در سطوح مختلف باشد و وظایف آن‌ها را انجام دهد.
بلکه تأسیس شده تا اعضاى خود را براى ایفاى نقشى مثبت براى خدمت به مردم بسیج کند و ایمان و آگاهى و اخلاص آنان را فزونى بخشد و در همه سطوح ارتقاء دهد. مجلس براى این تأسیس شده که به مثابه نیروى داخلى و اهرمى قدرتمند باشد، نصیحت کند، بیدار باشد، بازخواست کند، شکاف‌ها را پر کند، مانع اهمال و سستى باشد و جلوى جدایى و تفرقه را بگیرد.»
براساس قانون تصویب شده در مجلس مدت ریاست شش سال بود. سال ۱۳۵۲ هیات رئیسه مجلس این مدت را تا سن ۶۵ سالگی امام صدر تمدید کرد. دوره‌ای که ۱۵ سال آن، از ۱۳۵۷ در اسارت و غیبت گذشت. اما تا سال ۱۳۷۲ که امام ۶۵ ساله شد، همچنان رییس مجلس اعلای شیعیان بود. در این سال امام رئیس افتخاری انتخاب شد و شیخ محمد مهدی شمس‌الدین که قبلا نایب رئیس مجلس بود، به طور رسمی رییس مجلس شد.
امروز، امام موسی صدر همچنان رئیس افتخاری مجلس اعلای شیعیان لبنان، جایی که خودش برای شیعیان برپا کرد، است؛ رهبری در غیبت.